抗战爆发，南京沦陷举国震惊，蒋氏慌忙逃命到了重庆，可是有一件重大的事情蒋氏没有办，那就是带走“国父”孙中山先生的遗体，难保日军不会对中山先生的遗体进行毁坏。
虽然后来日军没有毁坏中山陵，但是这毕竟是一种冒险的行为，至于蒋氏当时为何不带走中山先生的遗体，对外解释是陵墓封闭了，墓室无法打开，如果用爆破，可能会损坏遗体。
如此一来只好作罢，蒋氏留下“国父”逃命去了，实际上，孙中山先生的遗体曾有两次险些遭到损毁，一次是日军侵占南京，还有一次是在孙中山先生病逝后不久，险些被军阀张宗昌焚毁。
1925年3月12日，孙中山先生在北平病逝，时年59岁，在临终前中山先生遗愿是归葬紫金山，不过由于是在北平病逝，只好暂时把遗体停放在北平的碧云寺，以待紫金山的陵墓修建好之后再行安葬。
为了保护孙中山先生的遗体不出现腐坏，北平协和医院的医疗人员对其遗体进行了防腐处理，孙中山先生病逝轰动一时，苏联得知中山先生病逝，特意安排人员护送水晶棺到中国。
希望能将中山先生的遗体保存在水晶棺中，方便供世人瞻仰，可是由于路途遥远，当水晶棺抵达时中山先生的遗体已经入殓好了，水晶棺也就没有派上用场，对此深感可惜。
另一边，当时南京葬事筹备会正在征集陵墓的修建方案，31岁设计师吕彦直的“自由钟”设计图案获得一致好评，最终确定了“自由钟”的设计方案，陵墓工程于1926年破土开建。
起初计划是14个月修建完成，由于军阀争斗，以及种种原因，陵墓一直到1929年3月才修建完成主体工程，这期间孙中山先生的遗体险些被焚毁，事情就发生在1926年。
当时革命军打败了军阀张宗昌，此人是有名的三不知将军，不知自己有多少枪，不知手下多少兵，不知自己有多少个老婆，如此军阀只能是祸害一方，革命将其打败是为民除害。
兵败后张宗昌逃往北平，张宗昌认为革命军是孙中山的学生和追随者，而当时孙中山的遗体就在北平碧云寺，张宗昌把失败的怒火发泄到了孙中山身上，他派兵进攻碧云寺，焚毁孙中山遗体。
当时碧云寺只有少量护灵的卫士，这些卫士都是十分忠诚的，他们把孙中山先生的灵柩转移到了寺庙附近的山洞之中，张宗昌没有找到灵柩，这才作罢，1929年5月26日，灵柩从北平运往南京。
孙中山先生的灵柩于28日抵达南京，停灵3天供人祭拜，6月1日，在中山陵内举行大典，场面蔚为壮观，可惜的由于当时遗体已经出现腐坏，不适合再放到水晶棺中，就这样再次错过了使用水晶棺。
